1961年生效的《南极条约》除第九条第一款f项“保护和保存生物资源”外，本身并未对人类在南极的所有活动形式，如海洋生物资源捕捞、矿产资源开发等作出明确规定，更谈不上建立起详细的规则与机制来分配这些权利。《南极条约》以“去中心化”为特征的治理形式在南极事务中的表现也不尽如人意。这些问题显然不利于澳大利亚南极活动的进一步开展及其南大洋渔业与“南极领地”开发与保护的协调。有鉴于此，凭借《南极条约》缔约国身份，完善和扩展南极条约体系并引导南极国际治理朝着有利于自己的方向发展，成为澳大利亚维护本国南极权益的选择。
《南极海洋生物资源养护公约》:澳大利亚的全方位支持
澳大利亚通过广泛参与南极事务巩固其对南极条约体系的支持，这种参与对南极条约体系发展以及应对内部外部挑战具有重要意义，也是南极条约体系能够有效维持的重要因素之一。澳大利亚对1980年《南极海洋生物资源养护公约》(Convention for the Conservation of Antarctic Marine Living Resources，以下简称CCAM-LR)诞生所作的工作就是很好的例证。在谈判过程中，澳大利亚反对苏联、日本以渔业捕捞为主的意见，坚持应当以“养护”(Conservation)为公约根本宗旨的立场得到了参与国家的普遍赞同，从而一致通过了其关于建立一项能够兼顾南大洋生物资源合理利用与生态系统保护的特定管理制度的倡议，填补了《南极条约》在南大洋商业捕捞管理上出现的法律适用空白。谈判结束后，澳大利亚举办了各缔约国的最后会议，成为CCAMLR的公约存放国，向公约秘书处提供重要支持，将南极海洋生物资源养护委员会总部选址在塔斯马尼亚州首府霍巴特，由澳大利亚人戴瑞·鲍威尔担任首届执行秘书。澳大利亚对南极海洋生物资源养护委员会预防、阻止和消除CCAMLR适用海域内的非法、未报告及未管制捕鱼(Illegal,Unreported and Unregulated Fishing，简称IUU)的养护措施的形成、发展与完善也发挥了重要作用。CCAMLR阻断非法、未报告及未管制捕捞渔获物在缔约国港口上岸或转运路径的最主要养护措施———《关于犬牙鱼类的捕捞文件计划》(Catch Documentation Scheme for Dissostichus spp．，简称CDS)的雏形来自澳大利亚的一项行动方针草案，该草案最初建议引入一项数据文件计划来追踪犬牙鱼的国际交易。澳大利亚联合美国、乌拉圭等国实施船舶监测系统(Vessel Monitoring System，简称VMS)数据分享试验所取得的成果，被南极海洋生物资源养护委员会作为修改和细化船舶监测系统安装规则的首要参照指标之一，较好地弥补了船舶监测系统启用初期暴露出的易被伪造或篡改方位的缺陷。2011年，在CCAMLR各缔约国就设立南极海洋保护区应当遵照的指导方针、寻求的目标宗旨和参照的科学数据指标等基础问题无法取得一致意见时，南极海洋生物资源养护委员会以澳方提案为基础制定的《关于建立CCAMLR海洋保护区的总体框架》及时消除了各方分歧，初步建立起一项所有国家都能够接受且遵循的具有普遍指导意义的正式法律文件，避免了南极海洋保护区设立进程的无限期拖延。澳大利亚对南极条约体系发展的另一个贡献是促成1991年《关于环境保护的南极条约议定书》(Protocol on Environment Protection to the Antarctic Treaty，以下简称《马德里议定书》)的诞生。1961年《南极条约》生效后，围绕如何制定南极矿产资源开发规则的争论就一直没有停息。尽管1988年在新西兰惠灵顿举行的第四届南极条约特别协商会议上通过了《南极矿物资源活动管理公约》(Convention on the Regulation of Antarctic Mineral Resources Activities，简称CRAMRA)，但该公约所建立的矿物资源制度事实上削弱了澳大利亚“南极领土”要求的有效性，澳大利亚对此感到不满，也对可能在澳大利亚所主张的南极领土范围的矿产开发活动所带来环境保护问题感到忧虑。澳大利亚有政府官员指出，正式批准该公约“意味着我们放弃对南极的经济权利要求，而换来的却是一无所有。”1989年5月22日，澳大利亚总理鲍勃·霍克宣布，澳大利亚反对在南极从事矿业活动并拒绝签署《南极矿物资源活动管理公约》。相反，澳方将致力于达成一个全面保护南极环境的公约。8月，鲍勃·霍克同前来访问的法国总理米歇尔·罗卡尔一致认为，在南极进行的矿产活动与保护南极脆弱的生态环境不相符合，《南极矿物资源活动管理公约》不应再被视为一项能够保护南极环境的安全制度。澳法两国政府将合作促成一项公约，用以覆盖南极环境保护各个方面及其所依赖和关联的生态系统。在同年第十五届南极条约协商国会议上，澳大利亚联合法国以工作文件的形式率先提出“综合保护南极环境以及其特有和相关的生态系统”的建议，呼吁各国拒绝签署《南极矿物资源活动管理公约》。澳大利亚立场的转变扭转了南极条约体系的发展方向。一方面，在南极主权问题暂时搁置的情况下，澳大利亚抓住了保护南极环境、应对气候变化和人类活动对南极的影响等国际社会最为关心的重点，适时将主要议题从规范矿产资源活动引导到环境综合保护上。另一方面，由于《南极矿物资源活动管理公约》需要所有参与国的签署方能生效，澳大利亚明确的拒绝态度致使其事实上已经搁浅，这就促使其他国家也必须重新审视、评估和调整其南极政策。原先一直观望的意大利、丹麦、奥地利与比利时和持反对意见的新西兰、美国等国与澳大利亚在保护南极环境问题上统一了立场，在随后仅仅一年的时间内新条约文本的拟定即告完成。1991年10月4日，在西班牙首都马德里举行的第十一届第四次南极条约协商国特别会议通过了《马德里议定书》，将南极地区确定为专门用于和平和科学目的的自然保护区，并规定了严格的生态环境保护措施，如议定书生效后50年内，禁止在南纬60°以南区域进行一切商业性矿产资源开发活动等。这展现出澳大利亚在保留“南极领土”主权要求与维系南极条约体系之间寻求利益平衡所做的努力尝试，澳大利亚在这一具有进步意义的和平利用南极的条约制定中发挥了重要作用。1961年《南极条约》生效，但在其后四十余年里，一直未能建立起一般国际条约通常具备的常设运作机构———秘书处，以承担行政管理、提供工作服务便利、支持与执行条约决议等职能，这一度使《南极条约》成为唯一没有永久总部、没有网页站点、没有记录储存的国际公约。造成这种尴尬局面的根本原因在于一些国家担心秘书处的设立会导致南极问题的国际化并对主权要求国的既得利益构成挑战。在《南极条约》谈判初始阶段，澳大利亚与智利、阿根廷三国就否决英国关于建立某种形式的常设组织以促进条约目标实现的建议，拒绝接受任何形式的永久性的行政机构，而是将《南极条约》设想为旨在缓解南极领土争端与消除大国军备竞赛以保证该地区和平稳定并促进科学领域国际合作的安全协议。这导致《南极条约》只得创设出一种最低程度的机构制度，即采取按缔约国字母顺序轮流举办年度会议的方式为各方提供场所与论坛，以交换情报、共同协商有关南极的共同利益问题和促成涉及南极事务的措施、决议。相应地，每届南极条约协商国会议的东道国在会议期间承担南极条约体系的行政工作与费用，对收集和整理的会议记录进行管理并作为成果移交给下届会议承办方。这样显而易见的弊端在于:一成员方在履行信息交换义务时必须将相关数据资料分别送交给各成员方而无法直接交由一个中央机构汇总和再传达，这让南极条约体系的工作效率显得较为低下。尤其是进入到20世纪80年代中后期，由于南极条约缔约国数量的增加、与南极环境保护相关活动的增长以及在南极开展的其他各类活动的规模扩大等复杂因素，原有南极条约的“去中心化”(Decentralized Approach)运作方式更是显得力不从心，国际社会对设立南极条约秘书处的需求愈发迫切。从1985年起，几乎每届南极条约协商国会议都将设立秘书处列入讨论议题，然而进程迟缓，在最初的头六年里始终难以达成一致意见。对于是否设立南极条约体秘书处的问题，澳大利亚在应对南极条约体系外部挑战和推动内部机制改革的双重压力下，几经利弊权衡，加入到了赞成者阵营当中。随即不久，由其促成的1991年《马德里议定书》的缔结让所有南极条约协商国清楚地认识到，无论是提高南极条约协商机制处理事务的效率，还是加速信息流转和促进议定书实施的便利化，建立一个永久性的、中心化的秘书处势在必行。澳大利亚还设想将南极条约秘书处打造成为一条以间接方式保护南极环境的额外防线，为《马德里议定书》及其附件生效和履行提供足够的机构支持。为此，澳大利亚在秘书处选址和财政等细节问题上作出相应安排。澳大利亚在因1982年马尔维纳斯群岛战争而交恶的英国与阿根廷之间积极斡旋，敦促阿根廷逐步降低本国南极科研项目对军事力量的依赖并通过重组与改革南极局来替代支持，换取了英国收回对秘书处选址阿根廷首都布宜诺斯艾利斯的反对意见，结束了南极条约协商国会议关于秘书处设立地址长达十余年的争论。秘书处的财政资助方式采取的也是澳大利亚提出的设计方案:即秘书处年度预算的50%由出席南极条约协商国会议的全体协商国平均分担;剩余50%的分配比例不是简单比照协商国的国内生产总值，而是由协商国所选择的衡量参与南极活动能力的系数类别所决定。在2003年西班牙马德里召开的第二十六届南极条约协商国会议就建立南极条约秘书处各项问题完全达成共识前，澳大利亚还承担了临时行政秘书处的部分职能以帮助其顺利完成过渡;在秘书处成立初始阶段，主动提供了本国南极局多年来收集的有关南极条约体系各项工作记录的副本，帮助阿根廷建立稳固的工作基础。